Já jsem Javista, takže ti poradím Javu. Se sériovým portem v Javě mám docela velké zkušenosti a není s tím problém. Funguje dobře na Windows i na Linuxu.

MySQL není samozřejmě problém také, záleží jak složitý budeš mít DB model. Podle toho bych se rozhodl, jestli použit nějaký ORM framework (Hibernate, EclipseLink), nebo prosté JDBC.