Máš tam UTF-8 pre komunikáciu s databázou a nie Windows-1250. Použil si tú funkciu mysql_set_charset, o ktorej som písal? Alebo skoro ekvivalentné riešenie, čo píše nižšie ERASER.

Ešte to môže byť blbo zapísané priamo v databáze a nech spravíš čokoľvek, diakritiku tam nevykúzliš. Môžeš to overiť jednoduchým selectom priamo do tabuľky v nejakom klientovi, ktorý zvláda UTF-8.

Edit: Inak to show variables by si si mal vypísať priamo v tom skripte. Iný MySQL klient si môže nastaviť iné hodnoty, takže sa nedozvieš, čo sa použilo. Prípadne si vypíš show global variables.