V 64bitovém systému můžou 64bitové aplikace používat 64bitové instrukce procesoru a tak urychlit svoji práci. Ale takových aplikací je zatím málo.
Takže hlavní rozdíl je v možnosti použití více než 4 GB paměti.
Osobně jsem neměl s žádnými aplikacemi problém, vše funguje jak má.