Typicky to bývá tak, že v aplikaci existuje jedno hlavní vlákno, pak vlákno obsluhující GUI. Další vlákna mohou komunikovat se vstupy případně i výstupy.

Nevím, jak je to v Céčku, ale Java nabízí API jak pro vstup z klávesnice, tak existuje i API pro práci se sériovým portem. Funguje to tak, že si jenom zaregistruješ posluchače na změnu, pak se si v okamžiku změny zavolá příslušná metoda. V případě klávesnice to mohou být eventy např. keyPresed, keyReleased.