Netuším či je to možné, ale ja som nedávno riešil problém s aktualizáciou jednej tabuľky na MSSQL serveri, ktorú som dopĺňal/aktualizoval riadkami z inej tabuľky.
Ty to síce napĺňaš z csv súboru, ale princíp môjho riešenia bol nasledovný:
tabuľka1 -> vlož riadky do tabuľky2, ale len tie, ktoré sa nenachádzajú v tabuľke2, tzn. iba to čo je navyše/nové v tabuľke1.
Príkaz: INSERT INTO xxx FROM xx WHERE NOT EXISTS xxx.
No a potom možno to Tvoje UPDATE...
Keďže nepoznám štruktúru Tvojej tabuľky riešenie už musíš zvládnuť sám...