Kdyz slysím "mysql" tak to typicky neni pefrormance-critical, co si tam ifem zkusit jestli ten záznam existuje (náročnější, nicméně si troufnu tvrdit že v podoných kodech, které běží jednou pod sekundu je to celkem šumák) a podle toho se rozhodnout?

select count(*) from prod where reference = $se[neco];

IF >0 THEN $query = "UPDATE prod SET `prix`='".$se[$i][1]."' WHERE `reference`='".$se[$i][0]."'"; else
insert/zalogovani to co potřebujš

KISS = Keep it simple, silly