v prvom rade mozes zakazat tie vyskakovaci okenka. V nastaveniach skype (notification settings - vsetko odskrntnut). Myslim ze to by malo stacit.
(p.s. v tom pripade sa prichadzajuca konverzacia zobrazi len ako oranzovy puntik v ikonke skypu vpravo dole a uzivatel musi aktivne to otvorit a nemoze sa vyhovarat ze sa to nakliklo samo).