Stačí to do index.php, pretože v Joomle ide všetko cez hlavné index.php. A kód sa vkladá za začiatok tagu BODY (pokiaľ mám dobré informácie), pred nejakým časom došlo k zmene a už sa to nedáva pred ukončenie tagu BODY.

Ak sa mýlim, tak ma opravte, GA som osobne nikdy nepoužíval a nemám preštudovanú dokumentáciu. Čo sa týka Joomly a index.php, to platí.