Čiže Ti to zhrniem:
Ak je v pôvodnom súbore *.mov zvuková stopa a pri prehrávaní je krásne počuť, ale vo výslednom súbore po konvertovaní zvuk nie je počuť a podľa všetkého výsledný prekonvertovaný súbor zvukovú stopu ani neobsahuje...

potom je chyba v programe alebo nastavení toho Tvojho ***ultimate programu, ktorým to konvertuješ !!!