Tak jsem problém úspěšně vyřešil za pomoci dalších pár kontaktů a jedné stránky.

Pokud chcete aplikaci odebrat se seznamu, v Registru najděte větev HKEY_CLASSES_ROOT\Applications a v ní podklíč dané aplikace. Ten je pojmenován podle spouštěcího souboru aplikace a měl by obsahovat i podklíč shell, kde by v údaji hodnoty FriendlyCache bylo zapsáno jméno aplikace. Jste tedy ve větvi HKEY_CLASSES_ROOT\Applications\xxx, kde xxx je jméno spouštěcího souboru aplikace. Zde vytvořte novou textovou hodnotu s názvem NoOpenWith, jejíž údaj ponechte prázdný.
Podobným způsobem je možno odebrat se seznamu i vícenásobně vyskytující se aplikace. Stačí vyhledat jejich podklíče v uvedené větvi a vícenásobné výskyty uvedeným postupem odebrat.
Pokud chcete změnit způsob setřídění položek v menu, přímou cestou to nepůjde. Když ale na začátek jména aplikace (uvedeného v HKEY_CLASSES_ROOT\Applications\xxx v údaji hodnoty FriendlyCache) přidáte znak, který má při setřídění podle abecedy přednost před číslicemi a písmeny (např. mezera nebo tečka, bude se logicky zobrazovat na prvním místě.
Všechny změny se projeví až po znovupřihlášení uživatele nebo restartu a platí pro všechny uživatele.

Zkopírováno ze stránky, kde jsem to dořešil.