Jestli nemáš Total Commander, tak si stáhni demoverzi a zkus následující postup (podle tvého popisu).
Otevři si tu složku, vyber vše a ulož výběr.

V XP jsem si tuto složku otevřel a do ní vyexportoval řekněme 30 souborů najednou.

V případě, že by se zrušilo označení souborů, tak si ho obnov. Pak invertuj výběr - budeš mít označené jen soubory, které přibyly. Tak si je přetáhni jinam.

Další krok.
Znovu vyber všechny soubory v té složce a ulož nastavení.

Problém má pokračování ... V XP jsem je nakopíroval na konec Seznamu, po importu na jedno kliknutí smazal.

Po nakopírování nových souborů obnov výběr, invertuj ho (tím se vyberou jen ty nové) a ulož. Naimportuj to v tom neznámém programu a po skončení obnov výběr a smaž.
Když to bude fungovat, zaplať za Total Commander, protože ti ušetřil spoustu času a práce...