Využil bych na to PowerShell:

md test
md test2
For ($i=1;$i -le 100;$i++){New-Item -Path \test -Name StarySoubor$i.txt -Type "file"}
$old = Get-ChildItem \test
For ($i=1;$i -le 10;$i++){New-Item -Path \test -Name NovySoubor$i.txt -Type "file"}
$new = Get-ChildItem \test
cd \test
Compare-Object -ReferenceObject $old -DifferenceObject $new | % {Copy-Item $_.InputObject \test2}
cd \
Get-ChildItem \test2

Krátký popis skriptu:
Vytvoří složky Test a Test2. Vygeneruje 100 "starých" souborů. Tyto soubory si uloží do proměnné $old. Vytvoří dalších 10 "nových" souborů a uloží do proměnné $new. Porovná proměnné $old a $new a zkopíruje nové soubory do složky Test2. Pro tvé potřeby si budeš muset vytvořit vlastní skript.