Příčinou může být nějaký program nebo služba, která vypnutí zdržuje.
Takže zkontrolovat, co ti všechno běží (např. pomocí MSConfig.exe) a zbytečnosti vyházet.
Řešením by mohly být následující úpravy registru:

[HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control]
; zkraceni doby cekani na ukonceni sluzeb pri ukonceni Windows
"WaitToKillServiceTimeout"="2000"
[HKEY_CURRENT_USER\Control Panel\Desktop]
; zkraceni doby na ukonceni aplikaci pri ukonceni Windows
"WaitToKillAppTimeout"="2000"
"HungAppTimeout"="2000"