Zavesil si sa na udalosť blur, t.j. po opustení vstupného poľa sa zavolá tvoja funkcia, ktorá na základe hodnoty aktuálneho poľa vyplní ostatné polia. Po zvolení hodnoty z ponúknutých možností a opustení poľa je tou aktuálnou hodnotou ten reťazec so znakmi =, takže sa to ešte zachová ok. Po opustení druhého poľa sa už v tom prvom nenachádza hodnota so znakom =, takže sa to už nezachová správne.

Takže najjednoduchšie riešenie je prepísať výskyty blur na autocompleteselect (resp. to dať rovno do konfigurácie) a bude sa to chovať lepšie. Zostane tam ešte jeden problém - v aktuálnom poli ti zostane zvolená hodnota, pretože tá sa nastaví až po autocompleteselect. Takže ešte doplníš argumenty obslužnej funkcie "e" a "ui". V tele funkcie potom nastavíš ui.item.value na pole[0], resp. pole[1].

Máš tam bezpečnostný problém - SQL injection. Pozri si použitie funkcie mysql_real_escape_string (plus by si mal ošetrovať znaky % a _).