Asi by som to riešil možno nejak takto:

procedure TForm1.Button1Click(Sender: TObject);
var
  TS: TStringList;
  i: Integer;
  s: String
begin
  TS := TStringList.Create;
  TS.LoadFromFile('C:\prefs.js');
  for i  := 0 to TS.Count-1 do
  begin
    s:= TS[i];
    // tu urobíš čo chceš s každým reťazcom "s"
    //
    // prepíšeš ho naspäť
    TS[i] := s;
  end;
  TS.SaveToFile('C:\prefs.js');
  TS.Free;
end;