Ono to v tom index.php skutečně je, jenže jsi hledal v nesprávném indexu...Kód google analytics by se měl dávat někam mezi tagy body či head, nicméně ani jeden z těchto tagů tu není.
Měl bys hledat v: joomla\templates\beez_20\index.php (nebo jak se jmenuje ta tvoje šablona). A je tam jak head tak i body, takže si to můžeš šoupnout, kam potřebuješ.