No moc nechápu, čeho vlastně chcete dosáhnout. Do výsledného videa je blbost cpát nějakou průhlednost, to se dělá pouze v nějakých úsecích z jednoho programu, který se pak importuje do druhého a ta průhlednost se použije pro nějaký efekt.
Trváte-li na tom FLV, mrkněte zde http://www.studiodaily.com/2006/03/export-flash-vi deo-from-after-effects-7-0/