Tak na MBR není jen jeden program, na to stačí:
dd if=/dev/null of=/dev/sd(x) bs=512 count=1
a nemusí se mazat celý disk. Něco podobného by to měl umět i Parted, atd... Ale v případě tázající se už to bylo jednou reinstalované, takže v tom problém nebude. Tedy, nevím jestli jsou dnes ještě boot viry, ale to je snad pasé.