Tak to se mi nikdy nestalo a používal jsem 256 color mód dost často. Nedělá to prostě nějaká jedna konkrétní (oprasená, pravděpodobně skinovatelná - takové na můj PC nesmějí) aplikace, nebo ti to dělají všechny?

Já pamatuji na problém u NT 4 TSE, kdy při 256 barvách a posunování okna se tvořily na oné defaultní příliš tmavé černé barvě desktopu světlé "mapy" - zmizely vždy při minimalizaci a maximalizaci okna klienta. Neřeší to třeba i tvůj problém?