jj, souhlas, xosl, ideálně na vlastním 8MB oddílu je nejlepší a nejuniverzálnější řešení, nezávislé na jakémkoliv OS.

jinak extrahovat prvních X sektorů můžeš pomocí příkazu dd (ano, jmenuje se "dd" a je to jeden z nejmocnějších nástrojů linuxu - ale POZOR! je opravdu mocný a špatné použití také může znamenat, že smažeš důležitá data.

edit:jinak by to mělo být něco ve stylu:

dd if=/dev/hdXY of=/share/linux.bin bs=512 count=1

kde za X a Y dosadíš disk a číslo oddílu, do kterého jsi nainstaloval bootovací oddíl linuxu (např. dev/hda2 pokud je to primary master, druhý primární oddíl na disku. (v případě, že je rozšířený, tak to bude hda5)