Udělej si čas, PC s projektem kompletně přeinstaluj. Data projektu máš snad uložena i jinde (kdyby náhodou byla napadena, ale nemyslím si to - záleží, v čem to děláš).
Používej PC bez přístupu na internet.
Případně můžeš na PC s internetem vytvořit virtuální PC a dělat to v něm, opět to virtuální PC na net nesmí. To už je ale rizikovější chování.
Pokud "projekt" v téhle fázi znamená "poznámky, výpočty atd.", tedy většinou texty či tabulky, zvaž možnost to dělat pouze z live linuxu (+nějaké open office či co), bez přístupu na internet. Ukládat můžeš do nějakého truecrypt kontejneru.
Ale kloním se také k většinovému názoru, že to spíše bude shoda více náhod. A nakonec raději pamatuj: to že jsi paranoidní neznamená, že po tobě nejdou