Jenomže to je prostě úděl Windows XP. Je možné je nabořit tak, že není jednoduché cesty zpět.
Odborná rada je právě čistá instalace, ale opravdu čistá. Opravná instalace je něco totálně jiného. Čas strávený čistou instalací a doinstalováním potřebného SW je mnohem menší než urputná snaha zkoušet deset tisíc možností, jak rozviklaný OS (navíc domutovaný ještě čističi) resuscitovat.

Já bych nicméně zkusil ještě toto:
1. Vyměnit kabel k disku (předpokládám SATA, je-li PATA, tak tím spíše plus ověřit single drive jumper, pozici na konci kšandy, DMA režim v ovladačích).
2. Vyměnit dočasně disk za jiný, tam nainstalovat čistý Windows. Pomůže-li to, je zbytek HW v pořádku a zbývá problém buď v disku nebo instalaci OS.
3. Zazálohovat data a rozjet čistou instalaci na starém disku

edit: jo ještě jsem si vzpomněl, že mi podobně zpomalovalo PC kdysi díky přídavným COM portům do PCI. Pokud máš nějaké extra karty ve slotech, vyházej je a sleduj chování PC v minimální konfiguraci.