nepíšeš jak, takže bezcenná odpověď.
softy které potřebovaly nižší verzi .net, vyšší verzi většinou nepoznají - byl nesmysl to odinstalovávat.
balík 3.5 ti buď nainstaluje i starší verze, nebo ne. ve tvém pořadí to instaluje málokdo.

smůla je, že retardované aplikace spoléhají na přítomnost .net - ale nedokážou to ani vypsat, natož uvést verzi (když už neumí detekovat novější).