Pokiaľ je program nainštalovaný - v Program Files, potom ani ako užívateľ s admin právami nemáš oprávnenie zapisovať do tohto umiestnenia...

MKVToolnix existuje portable verzia, ktorá sa neinštaluje - typicky sa rozbalí adresár do iného umuestnenia ako sú systémové zložky a tam už zapisovať môže hocijaký program.

Je možné zmeniť prístupové práva na zložku a súbory pre užívateľa (aj v Program Files) - úplný prístup (pravý klik na zložku).