Ale ano, víme, ale nevíme jestli budeš vědět co myslíme...
Původní search měl vlastnost float:right
Takže když ji přidáš tomu, co vkládáš, tak to bude taky vpravo...
třeba narychlo pokusácky takto:

<li  style="float:right" <?php if(get_locale() == 'en_US') { ?>class="active"<?}?>><a class="en" href="/en/">En</a></li>