Možno tie "některé stránky" nie sú optimalizované pre IE, možno programátori stránok nedodržiavajú štandardy písania kódu, možno štandardy nedodržiava deravý IE...
Jedná sa o aký OS? Aká verzia IE 32 alebo 64-bit?

Problém môže byť aj tu: "Provedl jsem přeinstalaci IE a pročištění pc."

Ak nie je vyslovene nutný IE (na 99% nutný nie je...), použi iný prehliadač webových stránok.