I když zavoláte "destroy" pro datepicker, tak neodstraní ID u toho inputu. A to je potřeba odstranit.

Například:

$("input[class='addRow']").live('click',function() {
       $('.datepicker').datepicker("destroy");
       $('.datepicker').attr("id", null);
       $('.timepicker').timepicker("destroy");
       $('.timepicker').attr("id", null);
       $('.repeatdiv:first').clone(false).insertAfter('.repeatdiv:last');
       $('.datepicker').datepicker();
       $('.timepicker').timepicker({timeFormat: 'hh:mm',showOn: "button"});
  });