Verzie 3.5 a 3.0 obsahujú verziu 2.0 (iba ju rozširujú o nejaké knižnice), takže nemôžeš odstrániť napríklad verziu 2.0 tak, aby ti tam zostala verzia 3.5. Ostatné sú navzájom nezávislé.

V princípe môžeš odstrániť všetky verzie .NET Frameworku a konkrétnu verziu nainštalovať až vtedy, keď ti kvôli tomu nepôjde nejaký program. Ale nevidím v tom nejaký praktický prínos, iba čo si môžeš znefunkčniť nejaké programy (za zmienku stojí napr. ATI Catalyst Control Center - možno používaš). Osobne by som nechal všetky verzie nainštalované.