U webovych stranek by soubory v UTF-8 neměly obsahovat BOM (identifikační bajty na začátku). Nevím, v jakém softu jsi stránky vytvářel, obvykle jde ukládání BOM v UTF-8 vypnout v nastavení.

Pokud chceš být bez problémů se zobrazováním znaků, zůstaň u UTF-8. Jinak můžeš použít i další kódové stránky, schopné zobrazit českou diakritiku - CP-1250, ISO-8859-2.
Předpokladem je mít soubory uložené v tomto kódování a mít v hlavičce stránky správný META tag charset.