Tak jsem si stim nakonec poradil.
v Realtek HD jsem natavil

"Zařízení předního a zadního výstupu budou přehrávat simultánně dva různé proudy zvuku."

"Oddělí všechny vstupní konektory jako nezávislá vstupní zařízení."

a v Skype jsem dal Nástroje > nastavení > Zvuková zařízení :
Reproduktory jsem nastavil na sluchátky. Děkuji aspoň za přečtení :)