Spouštěj přes soubor VIDEO_TS.IFO, pokud to půjde.
Nebo Avidemux ti to spojí automaticky a výsledek (video i audio kopie) uložíš do MPEG-PS s koncovkou VOB. Je to otázka pár minut i u několika hodinového filmu, páč se jen kopírují data, nedochází ke kompresi.