Umí to třeba Avidemux, ale bez rekomprese to nepůjde.
Pozn. Rozlišení samozřejmě může zůstat původní, jen otočené o 90°, např. 1080x1920. Pokud nastavíš podobný tok, jako zdrojové video, k nějaké výrazné ztrátě kvality nedojde. Doporučuji použít dva průchody.