Jednodušší program typu klíkání na next je universal USB Installer.
http://www.pendrivelinux.com/universal-usb-install er-easy-as-1-2-3/

Dísk bych rozdělil na 3 oddíly. První velký tak, aby se na něj vešla instalačka (např. pro Ubuntu 12.04 64-bit bude stačit 2 GB). Druhý 1 GB na swap a třetí do zbytku velikosti disku, na který nainstaluješ distribuci. Můžeš rozdělit ve Windows a při instalaci (zvolíš, že chceš "Něco jiného" než ti to nabízí) akorát naformátuješ na ext4 a nastavíš ten menší oddíl jako swap a větší jako / (lomítko). Můžeš si samozřejmě nastavit další odddíl třeba pro /home. Jo a zavaděč nainstaluj na ten externí disk.

Návod na instalaci Ubuntu krok po kroku je zde:
http://wiki.ubuntu.cz/Instalace/Pr%C5%AFvodce%20in stalac%C3%AD?redirect=1