K migracím všecho druhu včetně i restrukturalizacím v rámci jednoho lesa slouží Active Drectory Migration Tool 2.1 / 3.0.
Ale v případě přidání jednoho nového serveru do stávající domény a jeho přenastavením jako Master Operation(což je v podstatě co se děje u tebe) je to v podstatě kanón na vrabce.
V Active Directory neexistuje PDC a BDC, všechny servery jsou si rovny, pouze jeden z nich má práva FSMO. Pokud nový server připojíš do stávající domény jako druhý kontroler, zreplikuje si všechny účty k sobě. Když na něj přeneseš všechna FSMO (http://www.petri.co.il/transferring_fsmo_roles.htm), a nastavíš DNS , můžeš teoreticky ten první server prostě vypnout.
V případě Win2000 -> Win2003 bych se ale replikační služby trochu bál, že neudělá vše co má. To co bych udělal já je, že bych si infrastrukturu nasimuloval v MS Virtual Serveru (je zdarma), tj. vytvořil bych doménu s Windows 2000 FSMO holderem, Windows 2003 DC a jednou stanicí a experimentoval bych...