Není to ve Službách (jak tě výše odkazoval mia)?
Start - napsat tam Služby a podívat se pak jestli některá služba neobsahuje výraz Skype.
Anebo pokud je to v těch aktualizacích zahrnutých do Windows, tak je nestahovat automaticky, ale jen upozornit. Pak vybrat, co instalovat chceš a co ne.