Tvoj problem podla mna je
j - i+1
prekladac neni jasnovidec bud j - (i+1) alebo j - i - 1.

Inac robis moc zlozito vsetko. ja by som dynamicky vytvoril len pole pre vysledok a ratal by som to rovno zo vstupu. Tie polia cislo1 a cislo2 vytvaras uplne zbytocne.
Inac len tak mimochodom:

	int adresa_posledniho_prvku = delka_vstup-1;

	for(int j = 0; j <= adresa_posledniho_prvku; ++j){

	for(int j = 0; j < delka_vstup; ++j){

	//urcim delky poli
	int a; //index konce cislo1
	for(a = 0; a < i; ++a){
		++delka1;
	}
	--a;
	int b; //index konce cislo2
	for(b = i+1; b < delka_vstup; ++b){
		++delka2;
	}
	--b;

	int a=i-1; //zasa dalsia zbytocna premenna
	delka1=i;
	int b= delka_vstup-i-1; //zbytocna premenna
	delka2=delka_vstup-i-1;