Registr si jednoduše představíš jako databázi (IT guruové snad prominou naivní abstrakci):

Třeba jako seznam obyvatel vesnice, s odkazy na jejich adresy. Jeden umře, paní na radnici smaže jeho jméno, ale adresa tam (omylem, nepozorností) zůstane. Co se stane, když bude nějakého obyvatele hledat? Mrtvého tam nemá a jeho "nefunční" adresa ničemu nepřekáží, nic ji "nevyvolá".

Takto to funguje (zjednodušeně) v registru Windows. "Neplatné" záznamy jen zabírají nějaké místo, jednotlivě pár (desítek) bajtů. Za situace 4GB RAM je zbytečné tohle řešit, "optimalizovat".

Čističe registru to z principu myslí dobře, ale nemají šanci obsáhnout milióny programů, které mohou mít v registru nestandardní záznamy. Smažou něco, co neměly, a problém je na světě.