Nastavenie currentTime funguje len vtedy, ak server podporuje streamovanie (byte range requesty). Potom by ti malo fungovať toto:

  .mouseup(function() {
    var audio = $("#beep-two" + $(this).data("beeper"))[0];
    audio.pause();
    audio.currentTime = 0;
  });

Prípadne môžeš skúsiť nahradiť ten audio element klonom, vtedy sa to audio stiahne znova a začne od začiatku (ak by si nastavil správne hlavičky pre kešovanie, tak by to nemuselo sťahovať to audio znova):

  .mouseup(function() {
    var $audio = $("#beep-two" + $(this).data("beeper"));
    $audio[0].pause();
    $audio.replaceWith($audio.clone());
  });