Kristepane(TM)!

NTFS - mimo jiné i žurnál, na externí média, mimo magnetických HDD, nevhodný. Nevhodnost též z povahy externích médii a obvyklému zpožděnému zápisu.
FAT - mimo jistých omezení je poměrně vhodný na externí médium a hojně užívaný.
ExFAT - hodně vylepšený FAT. Vzhledem k licenci (Microsoft) a podpoře nemusí být podporován všude.

Na ten váš pseudosystém, kdy použijete jako archivní médium USB flash disk, ale pracujete s archivovanými soubory tak, že je na tom archivačním médiu otevřete v aplikačním SW a zpracováváte, tak neexistuje souborový systém, který by ochránil HW proti takovému prasáckému jednání!

Dodatek:
Zálohování je jedno z administrátorských počinů. Vyžaduje nějaký vypracovaný systém, včetně výběru archivačních médii, jejich kontrol, systém časového provádění plných a přírůstkových záloh, atd.. Bohužel ve vašem případě je to Trockého sen kombinovaný s totálním chaosem! Chybí něco, čemu se říká: "štábní kultura". Na toto není jakýkoliv souborový systém lékem.