NTFS ma tiez "dirty bit", a ak je nastaveny tak sa spusti chkdsk.
Dotazovatelovi odporucam na ten disk ktory sa neustale kontroluje spustit pod win chkdsk pismeno_disku: /f
prip. skusit nabootovat z napr. live-CD WInXP (BartPE apod.) aby ten disk nebol locknuty, a pustit nan ten chkdsk /f. Pricina moze byt aj nastaveny prave ten dirty bit na filesysteme a dementny Win ho pri tom checkdisku pocas bootu (mozno z nejakeho dovodu) nevie zrusit.

P.S. OS ma bezat stabilne, a nie nekrektne sa ukoncovat a zhadzovat, ako maju vo zvyku MS produkty

P.S.2. ak tam ma FAT32 tak samozrejme nech to prevedie na NTFS ak chce vyuzivat jeho vyhody (zabezpecenie atd.), ja od NTFS nikoho neodhovaram