Pokud chceš tuto funkci vypnout trvale (pak je ale potřeba občas spustit chkdsk ručně) tak tady je postup:
1. Spustit REGEDIT32.EXE
2. Najít HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Contro l\Session Manager
3. Změnit hodnotu BootExecute na autocheck autochk *
Restartovat

Nebo jednoduššeji bez zásahu do registru:
1. Start-spustit-cmd
2. Spustit "fsutil dirty query X:" (místo X: písmenu disku)
3. Objeví se hláška (s geniálním překladem) že disk je "čistý" nebo "špinavý"
4. Pokud je "špinavý" napsat a spustit "chkdsk X: /f /x", pokud je čistý kontrola by něměla proběhnout
5. A znovu k bodu 2 - disk by již měl být "čistý" a po restartu by se kontrola neměla provádět

Jinak k diskusi výše - je úplně jedno, jestli máš NTFS nebo FAT32, pokud máš počítač doma a nepotřebuješ nastavovat práva k souborům.