Já to dělám takhle:

- z páskové kamery nagrabuji HD video do PC (jediné mínus pásky: trvá to 1:1), formát *m2t
- sestříhám ve Vegasu a uložím opět jako *m2t (bez přerenderování toho, co není potřeba - renderují se jen případné přechody, vložené obrázky, efekty, titulky…)
- master *m2t proženu programem HandBrake (používám verzi 0.9.5, novější mi nevyhovuje) a ukládám jako *mkv. Libovolně si přitom můžu nastavit parametry.

Sice to neřeší tvůj problém, ale třeba to někomu pomůže. NIKDY bych jinou než páskovou kameru nechtěl.