To, že Jython je implementáciou Pythona, znamená, že Jython umožňuje spúšťať programy napísané podľa špecifikácie jazyka Python. Môžu existovať malé rozdiely medzi programami, ktoré si napísal v inej implementácii Pythonu - napr. chýbať nejaké knižnice alebo nejaké iné detaily. Jazyk však bude stále rovnaký, takže keď vieš napísať program v Pythone, tak ho vieš napísať aj v Jythone.