Proč jsi nenapsal pro jaký operační systém?!
Zkusit můžeš třeba TrayIt!
http://pc.poradna.net/q/view/21480-program-na-pres unutie-beziacej-aplikacie-do-systray
Pro spoustu programů existují doplňky pro minimalizování, třeba email klient Thunderbird atd.