O možnosti přímo ve Windows nevím - tedy na 99% neexistuje.

Jak jsem už ale psal, spousta programů umožňuje minimalizaci do systray bez přídavných programů - já to využívám např. u aplikací Total Commander, Mozilla Thunderbird, Screamer Radio.

Skype nepoužívám, ale taky to umí - teď jsem to pro zajímavost našel.
http://www.mydigitallife.info/how-to-minimize-skyp e-to-windows-7-system-tray-notification-area/