Já rozlišuju dvě "obnovení systému"

Obnovení systému - program součást windows - podle mě se soubory v koši nemažou/nemění a budou tam.

Obnovení systému přes nástroj od výrobce notebooku/pc -typicky se mačká něajký čudlík který spustí systém recovery a obnový se image operačního systému do továrního nastavení - soubory se smažou všechny a o tom jsi vždy informován.