Ostatně, to je jediný rozumný smysl formátu APE - záloha klasického CD audio beze ztrát.
S tím se nedá souhlasit. Smyslem je mít svou oblíbenou hudbu pro poslech na alternativním médiu (HDD) v nezměněné kvalitě při menších datových nárocích. Ovšem z APE už se nikdy neudělá přesná kopie CD původního, např. bude problém u alb, která mají plynulý přechod ze skladby na skladbu. Rovněž již nebude fungovat načítání informací o skladbách z databáze CDDB atd. Když zálohovat CD, pak jako kopii 1:1 na CD či jako image (.iso).