to si dost pleteš.
pokud tvůj "souborovy oddil" nejsou všechno jen věci kradené z netu, pak největší cenu v pc mají právě ty data.
systém a aplikace nainstaluješ vždy znovu.

Jde mi o to, aby se nic nedostalo k OS a nenarusilo ho, aby nedelal potize

vždyť se k tomu všemu dostáváš ty, samoadmin nebezpečný vlastnímu pc. tebou spuštěný vir/spyware má tvoje (administrátorská) práva, čili mu nezakážeš nic.

bezpečným řešením je používat omezený účet pro veškerou práci / připojení na net.
správce mít schovaného jen pro instalaci a změny nastavení - a samozřejmě neinstalovat warez.

rozdělení na systém a data zvlášť je určitě správný postup.
až si pc zase doničíš/zaviruješ do nepoužitelnosti, zformátuješ jen systém, data ti zůstanou.

k dotazu v nadpisu: někdy to viry zkouší i na další oddíly. inu 11 let microsoftí debility s povoleným autorunem nadělalo svoje.