No, je teoreticky možné, že na tom druhém HDD je natolik zblblý filesystem, že ovlivní i start windows z druhého disku. Jednou jsem se s takovým HDD setkal. Vyřešil jsem to tenkrát tak, že jsem ho připojil až po startu systému přes USB redukci jako je např. tato:
http://www.alfacomp.cz/php/product.php?eid=1051400 860UA000D0B
Pak jsem ho pomocí CHKDSK /F opravil a poté již fungoval bez problémů.