Pleteš se. Ta práva skutečně má.
Může i bez tvého vědomí telefonovat, má plný přístup k SMS a MMS (může je nejen číst, ale i mazat a měnit atd.)
Doporučuji nainstalovat např. Advanced Permission Manager a přečíst si, co vše Messenger může. Budeš se divit.
Má právo zapínat připojení k síti, má právo vytvářet nová připojení k síti a mnoho dalších věcí, které podle mého názoru nejen nepotřebuje, ale ani by mít neměl. A to, co ci navymýšlel Messenger nemá žádná jiná aplikace.

Jinak pomocí té aplikace se můžeš podívat i na aplikace podle práv. Třeba zjistit, kdo vše má přístup k tvým kontaktům, SMS apod.
A další věc - můžeš aplikacím práva odebrat.